ВВЕДЕНИЕ
На сегодняшний день многочисленные исследования показывают, что пробиотики участвуют в поддержании баланса и стабильности микробиоты кишечника, регулируют состав кишечной флоры, поддерживают эпителиальный барьер, препятствуют прикреплению патогенов к поверхности кишечника, а также модулируют и способствуют правильному развитию иммунной системы. В иммунной системе пробиотики усиливают как врожденный, так и адаптивный иммунный ответ посредством взаимодействия бактерий, эпителия и иммунных клеток, действуя как Toll-подобные рецепторы (TLR) и модулируя дендритные клетки (DC). Поэтому в современной клинической практике пробиотики рассматриваются как перспективный инструмент для профилактики и комплексного лечения заболеваний, ассоциированных с дисбиозом [1, 2]. Эффективность пробиотиков при острых инфекционных диареях подтверждена в многочисленных клинических исследованиях и метаанализах, где их применение позволило сократить длительность диареи, а их роль в профилактике антибиотик-ассоциированной диареи (ААД), доказана снижением ее развития на 36% при использовании лактобактерий [3].
Помимо этого, пробиотики продемонстрировали способность снижать риск развития острых респираторных инфекций и показали конкурентно ингибирующее действие на патогенные бактерии, включая C. difficile, посредством синтеза бактериостатических молекул [3, 4].
Пробиотические микроорганизмы реализуют свои защитные эффекты через комплекс взаимосвязанных механизмов. Первый механизм основан на конкуренции за питательные вещества и места адгезии на эпителии кишечника, при этом адгезия пробиотических микроорганизмов к слизистой оболочке кишечника является желательным свойством, обеспечивающим их колонизационную резистентность и препятствующим заселению патогенными микроорганизмами [4]. Второй механизм предусматривает продукцию антимикробных веществ — молочнокислые и уксусные бактерии синтезируют органические кислоты (молочная, уксусная, пропионовая), регулирующие pH среды кишечника, а также высокоорганизованные антимикробные пептиды — бактериоцины (низин, лактоцидин, ацидофилин), действующие более выраженно, чем антибиотики [5].
Третий механизм связан с иммуномодуляцией — пробиотики взаимодействуют с Toll-подобными рецепторами (TLR-2, TLR-4, TLR-9) на эпителиальных и иммунных клетках, активируя NF-κB и стимулируя продукцию противовоспалительных цитокинов (IL-10). Различные штаммы пробиотических микроорганизмов обладают дифференцированным эффектом: Bifidobacterium spp. индуцируют IL-10 и подавляют TNF-α, IL-6, тогда как Lactobacillus стимулируют интерфероны и Th1 ответ [6]. Пробиотики типа Lactobacillus rhamnosus GG и Bifidobacterium animalis subsp. lactis BB-12 повышают продукцию секреторного IgA и лизоцима, обеспечивая локальную защиту, а также активируют регуляторные Т-клетки, усиливая противоинфекционный иммунитет при одновременном предотвращении аллергических реакций [7]. Четвертый механизм предполагает защиту и укрепление эпителиального барьера путем усиления экспрессии белков плотных контактов, повышения секреции муцина и секреторного IgA, что предотвращает транслокацию патогенов через кишечный эпителий. Эти механизмы действуют комплексно, обеспечивая селективную проницаемость кишечного барьера и защиту от инфекционных агентов [8, 9].
Антагонистическая активность пробиотических микроорганизмов реализуется различными механизмами и в зависимости от типа средства может значительно варьировать. Моноштаммовые пробиотики проявляют исходные антагонистические свойства, однако поликомпонентные средства демонстрируют потенциально более высокую эффективность, если оказывают синергическое взаимодействие между компонентами, — метаболиты одного штамма стимулируют антагонистическую активность другого, а также создают благоприятную окружающую среду для коллективной защиты [10]. Мишени антагонизма включают широкий спектр патогенных и условно-патогенных микроорганизмов, особое внимание уделяется актуальным патогенам кишечных инфекций: Escherichia coli, входящей в состав как нормофлоры, так и условно-патогенной микробиоты, и Clostridium difficile, возбудителю ААД [11, 14].
В настоящее время известно, что большинство бактерий (патогенных, условно-патогенных) существуют не в виде свободно плавающих клеток, а в виде специфически организованных структур — биопленок [15]. Биопленки представляют собой высокоорганизованные бактериальные сообщества, защищенные полисахаридным матриксом, составляющим 85% объема биопленки, что обеспечивает их повышенную устойчивость к антибактерианым препаратам по сравнению с планктонными клетками. Резистентность биопленок достигается за счет замедленного роста клеток вследствие неравномерного распределения кислорода и питательных веществ внутри матрикса, а также присутствия субпопуляции персистеров с нулевой или крайне низкой скоростью роста, что делает их толерантными к антимикробным препаратам.
Микроорганизмы, которые относят к пробиотикам, проявляют деструктивное действие на уже сформированные биопленки благодаря синтезу экзоферментов и протеаз, способных разрушать компоненты полисахаридного матрикса и элиминировать персистеры, что открывает перспективы для разработки комбинированных терапевтических стратегий, объединяющих пробиотики с традиционными антимикробными агентами [16].
ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ
Целью исследования явилась сравнительная оценка пробиотиков по скорости и плотности образования многовидовых биопленок, а также их деградации в процессе культивирования; сравнение способности проявлять антагонистическую активность по отношению к планктонным клеткам патогенных микроорганизмов и разрушению зрелых (сформированных) биопленок патогенов.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
В качестве модельных штаммов потенциальных возбудителей кишечных инфекций были использованы референс-штаммы микроорганизмов: Escherichia coli ATCC 25922 и Clostridioides difficile ATCC 43255, полученных из Государственной коллекции патогенных микроорганизмов «ГКПМ-Оболенск».
Коммерческие средства, в состав которых входят штаммы микроорганизмов, обладающие пробиотическими свойствами:
• Аципол Форте: Lactobacillus rhamnosus GG + Bifidobacterium longum CECT 7894 + цитрат цинка;
• Линекс Форте: Lactobacillus acidophilus (LA-5) + Bifidobacterium animalis subsp. lactis (BB-12);
• Бак-Сет Форте: 14 видов штаммов ( Lactobacillus, 4 — Bifidobacterium, Lactococcus, Streptococcus);
• Энтерол — дрожжевой грибок — Saccharomyces boulardii.
В исследовании были использованы питательные среды производства ФБУН ГНЦ ПМБ (Оболенск, Россия):
1. Бифидум среда (состав: панкреатический гидролизат, дрожжевой экстракт, глюкоза, цистеин, аскорбиновая кислота, натрия хлорид, магния сульфат, агар микробиологический).
2. ГБМ-агар (панкреатический гидролизат казеина, дрожжевой экстракт, мясной пептон, глюкоза, натрия хлорид, растворимый крахмал, натрий двузамещенный фосфорнокислый, агар микробиологический).
3. MRS-агар (глюкоза, дрожжевой экстракт, натрия ацетат, магния сульфат, марганца сульфат, Твин 80, калия дигидрофосфат, агар микробиологический).
4. Лактобак Агар (глюкоза, пептический перевар, дрожжевой экстракт, натрия ацетат, аммония цитрат, магния сульфат, марганца сульфат, полисорбат-80 (Твин 80), агар микробиологический).
5. Шоколадный Агар (пептон, гидролизат казеина, крахмал, натрия хлорид, калия фосфат, агар микробиологический, лизированные эритроциты (кровь)).
6. ГРМ-агар (ферментативный пептон, панкреатический гидролизат рыбной муки, натрия хлорид, агар микробиологический).
7. BV-агар (панкреатический гидролизат казеина, дрожжевой экстракт, стимулятор роста гемофильных микроорганизмов, мальтодекстрин, L-лизина гидрохлорид, натрия пируват, магний сернокислый, бромкрезоловый пурпуровый, агар микробиологический). Ростовая добавка (L-цистеина гидрохлорид, L-глутамин, никотинамидадениндинуклеотид).
Питательная среда производства Himedia (Индия):
Clostridium Difficile Agar Base (протеозопептон, натрия гидрофосфат, калия дигидрофосфат, магния сульфат, натрия хлорид, фруктоза, агар микробиологический) с добавлением 7% дефибринированной крови барана.
Культивирование микроорганизмов проводили в течение 24–72 часов при температуре 37ºС в аэробных условиях, а также в анаэробных условиях с использованием газогенерирующих пакетов (GasPak EZ Anaerobe Container System Sachets, Becton Dickinson).
Выбор условий культивирования — подбор состава питательных сред, обеспечивающих оптимальный рост всех микроорганизмов, входящих в состав пробиотиков, а также модельных штаммов патогенов.
Содержимое капсулы пробиотиков растворяли в 10 мл стерильного физиологического раствора, после чего готовили 10-кратные разведения и высевали по 0,1 мл из каждого разведения на исследуемые плотные питательные среды. Так же по 0,1 мл из исходного раствора засевали в пробирки с жидкими питательными средами. Инкубировали в анаэробных условиях при 37°С в течение 72 часов, контролируя рост визуально каждые 24 часа. Оптимальной средой культивирования считали ту, которая обеспечивала рост всех видов микроорганизмов, заявленных в инструкции к препарату или листке-вкладыше, а также модельных штаммов патогенов.
Выбор условий культивирования — подбор питательных сред, обеспечивающих совместное культивирование пробиотических штаммов и патогенов (E. coli и C. difficile).
По результатам высева на питательные среды различного состава, подсчета КОЕ и визуального анализа морфологии колоний была выбрана Бифидум среда в жидком и плотном вариантах, для C. difficile была выбрана среда Clostridium Difficile Agar Base с добавлением 7% дефибринированной крови барана. Полученные результаты показали, что штаммы-антагонисты E. coli и C. difficile способны успешно развиваться в анаэробных условиях, необходимых для культивирования пробиотических штаммов. Данный факт подтверждает обоснованность выбора этих штаммов в экспериментах по совместному культивированию для изучения антагонистических свойств пробиотиков и механизмов их взаимодействия с потенциальными патогенными микроорганизмами.
Идентификация бактерий методом времяпролетной масс-спектрометрии
Для подтверждения видовой принадлежности штаммов, входящих в состав пробиотиков, проводили идентификацию на времяпролетном масс-спектрометре серии Microflex (Bruker, Германия) с применением программного комплекса MALDI Biotyper. Для этого одну или несколько колоний культуры штамма ресуспендировали в 0,3 мл деионизованной воды, добавляли 0,9 мл 96% этилового спирта, центрифугировали 2 минуты при 13000 g, удаляли супернатант, подсушивали осадок в стерильном воздушном потоке, добавляли по 0,02 мл муравьиной кислоты (Sigma-Aldrich, США) и ацетонитрила (Sigma-Aldrich, США), ресуспендировали на шейкере Vortex Genius 3 (IKA, Китай) и центрифугировали 2 минуты при 13000 g. Нанесение образцов и тестирование осуществляли согласно инструкции производителя прибора MALDI-TOF Microflex.
Определение числа колониеобразующих единиц консорциума бактерий пробиотических штаммов в исследуемых препаратах
Количество клеток исследуемых штаммов в 1 капсуле/саше пробиотиков определяли, растворяя содержимое 1 капсулы/саше в 10 мл стерильного физиологического раствора, далее готовили 10-кратные разведения и высевали по 0,1 мл из каждого разведения на плотные питательные среды. Культивировали при соблюдении анаэробных условий. По окончании культивирования подсчитывали количество колоний микроорганизмов из каждого разведения и рассчитывали количество КОЕ микроорганизмов в 1 капсуле/саше препарата.
Подготовка пробиотических культур для исследования
Содержимое капсулы засевали в пробирки, содержащие 10 мл жидкой питательной среды. Культивировали при соблюдении анаэробных условий и температуре 37°С в течение 24–48 часов. По завершении культивирования содержимое пробирок тщательно ресуспендировали, затем отбирали аликвоты по 200 мкл и высевали на плотную питательную среду, равномерно растирая шпателем. Культивировали при соблюдении анаэробных условий и температуре 37°С в течение 24–48 часов.
Оценка плотности биопленки, сформированной сообществом штаммов микроорганизмов, входящих в состав пробиотиков.
Культивирование биопленки сообщества пробиотических штаммов микроорганизмов, входящих в состав пробиотиков. В лунки культурального планшета вносили по 0,1 мл жидкой питательной среды. Содержимое пробирок с предварительно подготовленными пробиотическими культурами тщательно ресуспендировали, затем аликвоты по 0,1 мл переносили в лунки культурального планшета. Инкубировали в анаэробных условиях при температуре 37°С в течение 3 суток, через каждые 24 часа, на 6-е сутки проводили оценку плотности формирующейся биопленки, а на 6-е сутки оценивали стабильность сохранения длительно культивируемой биопленки сообщества пробиотических микроорганизмов.
Оценка плотности биопленки, сформированной сообществом штаммов микроорганизмов, входящих в состав пробиотиков. Из лунок планшета осторожно отбирали питательную среду с неприкрепившимися планктонными клетками. Для удаления оставшихся планктонных клеток лунки с биопленками промывали двукратно стерильным физиологическим раствором в объеме культивирования, после чего жидкость полностью удаляли пипетированием. Далее в каждую лунку вносили по 200 мкл 0,1% раствора кристаллического фиолетового, инкубировали биопленки с красителем в течение 10–15 минут при комнатной температуре, после чего краситель полностью удаляли из лунки. Несвязавшийся краситель тщательно смывали физиологическим раствором, затем планшеты высушивали в ламинарном потоке. После полного высыхания поверхности в лунки добавляли 200 мкл 96% этанола, смывая краситель с поверхности лунок. Затем полостью отбирали и помещали в чистые плоскодонные планшеты. Оптическую плотность полученного раствора измеряли при длине волны 590 нм на приборе xMark™ Microplate Absorbance Spectrophotometer (Bio-Rad, США). Результаты измерений интерпретировали, сравнивая показатели OD590 образцов с показателями негативного контроля (чистого растворителя без добавления красителя).
Отсутствие биопленки фиксировали при значениях OD590 образца < OD590 контроля, слабую степень продукции биопленки — при OD590 контроля < OD 590 образца < 2 OD590 контроля, среднюю степень продукции биопленки — при 2 OD590 контроля < 2 OD590 образца < 4 OD590 контроля, высокую степень продукции биопленки — при 4 OD590 контроля < OD 590 образца, в соответствии с рекомендациями Stepanovic et al. (2010) [17].
Изучение антагонистических свойств исследуемых пробиотиков против модельных штаммов патогенных бактерий
Подготовка модельных штаммов патогенов. Для культивирования патогенных бактерий штаммов E. coli ATCC 25922 и C. difficile ATCC 43255 использовали плотные питательные среды, выбранные на первом этапе. Для этого в стерильном физиологическом растворе готовили суспензию суточной бактериальной культуры в концентрации 109 КОЕ/мл и засевали по 100 мкл на поверхность плотной питательной среды, равномерно растирая шпателем по всей поверхности чашки, и оставляли до полного впитывания на 15 минут.
Изучение антагонистических свойств пробиотических штаммов.
В чашках Петри с предварительно подготовленным и выращенным газоном бактерий пробиотических штаммов при помощи стерильного скальпеля вырезали блоки агара размером 10х10 мм. Подготовленные блоки стерильным скальпелем переносили на поверхность чашек Петри с посевами патогенных бактерий E. coli и C. difficile, по одному блоку для бактериального сообщества из каждого пробиотического средства. Инкубировали при соблюдении анаэробных условий и температуре 37°С в течение 72 часов, с детекцией и измерением зон подавления роста патогенов через каждые 24 часа.
Оценка активности биопленки, сформированной сообществом штаммов микроорганизмов, входящих в состав пробиотиков, против модельного штамма E. coli.
Культивирование биопленки сообщества пробиотических штаммов микроорганизмов. В лунки культурального планшета вносили по 0,1 мл жидкой питательной среды. Содержимое пробирок с предварительно подготовленными пробиотическими культурами тщательно ресуспендировали, затем аликвоты по 0,1 мл переносили в лунки культурального планшета. Инкубировали в анаэробных условиях при температуре 37°С в течение 3 суток. По завершении культивирования из лунок планшета осторожно отбирали питательную среду с неприкрепившимися планктонными клетками и промывали биопленки двукратно стерильным физиологическим раствором в объеме культивирования, после чего жидкость полностью удаляли пипетированием.
Оценка антагонистической активности. В лунку культурального планшета со сформировавшейся биопленкой сообщества штаммов микроорганизмов, входящих в состав пробиотиков, вносили 0,2 мл суспензии модельного штамма E. coli в концентрации 103 КОЕ/мл, приготовленной в жидкой питательной среде. Инкубировали в анаэробных условиях при температуре 37°С в течение 24 часов. После инкубации из каждой лунки проводили высев по 10 мкл на плотную питательную среду и инкубировали в аэробных условиях при температуре 37°С в течение 18–24 часов. По истечении времени инкубации проводили визуальный контроль наличия роста E. coli. В случае наличия визуального роста проводили видовую идентификацию выросших колоний для определения их видовой принадлежности методом MALDI-TOF масс-спектрометрии.
Оценка влияния микроорганизмов, входящих в состав пробиотиков, на формирующиеся биопленки
модельного штамма E. coli.
Содержимое пробирок с предварительно подготовленными пробиотическими культурами тщательно ресуспендировали, и аликвоты по 0,1 мл переносили в лунки культурального планшета. Затем во все лунки, содержащие суспензию пробиотика, вносили по 0,1 мл суспензии модельного штамма E. coli в концентрации 103 КОЕ/мл и инкубировали в анаэробных условиях при температуре 37°С в течение 24 часов. В отдельную лунку вносили по 0,2 мл суспензии E. coli и использовали ее в дальнейшем в качестве контроля. По завершении инкубации из каждой лунки проводили высев по 10 мкл на плотную питательную среду и инкубировали в аэробных условиях при температуре 37°С в течение 18–24 часов. По истечении времени культивирования проводили визуальный контроль наличия роста E. coli. В случае наличия визуального роста проводили видовую идентификацию выросших колоний для определения их видовой принадлежности методом MALDI-TOF масс-спектрометрии. Далее проводили оценку плотности образованной биопленки методом окрашивания кристаллическим фиолетовым и сравнивали ее плотность с плотностью биопленки в контрольной лунке, не подвергавшейся воздействию пробиотиков.
Оценка влияния пробиотиков на сформированные биопленки патогенных микроорганизмов.
Подготовка биопленки модельного патогена E. coli. Для получения биопленок использовали 96-луночные плоскодонные культуральные планшеты, в которые засевали по 200 мкл суточной бактериальной культуры штамма E. coli ATCC 25922 в концентрации 106 КОЕ/мл и культивировали 24 часа при температуре 37°С. Затем из лунок планшета осторожно отбирали среду с планктонными клетками. Для удаления оставшихся планктонных клеток лунки с биопленками промывали двукратно стерильным физиологическим раствором в объеме культивирования, после чего жидкость полностью удаляли пипетированием.
Оценка влияния пробиотиков на предварительно сформированную биопленку штамма E. coli.
В лунку культурального планшета со сформировавшейся и отмытой биопленкой E. coli добавляли по 0,2 мл предварительно подготовленной суспензии пробиотиков. В отдельную лунку с биопленкой E. coli добавляли 0,2 мл свежей жидкой питательной среды и использовали ее в дальнейшем в качестве контроля. Планшеты инкубировали в анаэробных условиях при температуре 37°С в течение 24 часов. По истечении времени культивирования проводили визуальный контроль наличия роста E. coli. В случае наличия визуального роста проводили видовую идентификацию выросших колоний для определения их видовой принадлежности методом MALDI-TOF масс-спектрометрии. Далее проводили оценку плотности образованной биопленки методом окрашивания кристаллическим фиолетовым и сравнивали ее плотность с плотностью биопленки в контрольной лунке, не подвергавшейся воздействию пробиотиков.
РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
В ходе проведенного исследования были подобраны питательные среды с оптимальным составом, обеспечивающим наилучший рост микроорганизмов, входящих в состав исследуемых пробиотиков и среды для совместного культивирования пробиотиков и патогенов E. coli и C. difficile.
Оценка видового состава и концентрации исследуемых пробиотиков. Оценка видового состава пробиотиков показала соответствие видовому микробному составу, заявленному производителями в инструкциях у пробиотиков: Линекс Форте, Аципол Форте, Энтерол (табл. 1). У пробиотика Бак-Сет Форте при использовании различных питательных сред и различном времени культивирования было выделено только 2 вида бактерий из заявленных (табл. 1).